El proceso de fabricación no difiere respecto al de la harina de trigo a la que estamos acostumbrados, porque la harina sin gluten se hace mezclando harinas de cereales y de legumbres que no contienen la proteína, como el arroz, el garbanzo y la quinoa.
El problema es que el gluten mantiene cohesionada y esponjosa la miga del pan, e imitar su comportamiento es muy difícil. Se usan muchas estrategias para conseguirlo, como añadir un azúcar llamado «goma xantana», aumentar la proporción de harina procedente de legumbres, que contiene más proteínas e incorporar una harina que aporte viscosidad mediante su almidón, el hidrato de carbono predominante en este ingrediente.